به عنوان یک تکنیک نقشه برداری مغز با وضوح فضایی خوب (به ترتیب چند میلی متر) و زمانی (در حد چند ده میلی ثانیه)، می توان از TMS برای نشان دادن مکان و توالی فعالیت های مغز استفاده کرد. TMS یک مداخله مورد تایید FDA (سازمان غذا و دارو) برای افسردگی اساسی است. همچنین می توان از آن برای درمان میگرن و برای نقشه برداری حرکتی و زبانی قبل از جراحی استفاده کرد