موزه هنرهای معاصر اصفهان، موزه هنرهای تزیینی اصفهان، موزه صنایع دستی و هنرهای سنتی اصفهان. کاخ موزه چهل ستون، موزه کلیسای وانک، موزه تاریخ طبیعی، موزه علوم و فنون آموزش پرورش، موزه آب، موزه شهدا، موزه حمام علی قلی آقا، گنجینه سنگ نوشته های تخت فولاد و باغ موزه پروانه ها از جمله موزه های شهر اصفهان می باشد.

         موزه چهلستون نام یکی از بناهای دوره صفویه در اصفهان است. ساخت و ساز کاخ در سال 1057 هجری به اتمام رسیده است و از نظر معماری یکی از باشکوه‌ترین بناهای آن دوران به شمار می‌رود.

         این بنا که از دوران صفویه در اصفهان باقی مانده از لحاظ معماری یکی از باشکوه ترین بناهای آن زمان به شمار می رود. اشیایی که در این موزه وجود دارد، از نوع باستان شناسی و مردم شناسی بوده و همچنین آثاری مثل نسخه های خطی، نگارگری و ظروف کاربردی و تزیینی متعلق به دوران اسلامی در آن دیده می شود.

موزه کلیسای وانک در شمال محراب کلیسای وانک واقع شده است. موزه وانک از دو طبقه تشکیل شده و دارای دو تالار با ویترین های ثابت و سیار می باشد. حدود 850 شی از سده های شانزدهم تا بیستم میلادی در آن به نمایش گذاشته شده است. موزه وانک از بخش های مختلفی تشکیل شده که آنها عبارتند از :

کتاب ها و نسخه های خطی

تابلوهای گچ بری و نقاشی

منسوجات (دست بافته ها و رودوزی های سنتی)

آثار فلزی

ظروف چینی و سفالی

آثار چوبی

فرمان ها

غرفه صنعت چاپ

غرفۀ یپرم خان

غرفه نژادکشی ارمنیان در 24 آوریل1915 میلادی

مسکوکات

غرفه جمهوری ارمنستان در 1918 ـ1920 میلادی

موزه کلیسای وانک بین سال‌های 1905 تا 1906 ساخته شده است. این موزه به کوشش فرزند نویسنده کتاب «تاریخ جلفای اصفهان»، برای نگهداری کتاب‌ها، نسخ خطی و اشیای تاریخی ایجاد شد و تا سال 1930 با هدف موزه و کتابخانه مورد استفاده قرار می‌گرفت.

در این موزه می‌توانید انواع کتاب‌ها و نسخه‌های خطی مانند یک کتاب انجیلِ متعلق به قرن دهم میلادی که بر روی پوست و قرآنی ترجمه شده به زبان ارمنی نوشته شده به همراه تابلوهای گچ بری و نقاشی از جمله سیاه قلمی که آن را منسوب به حضرت ابراهیم می دانند و یا تمثال حضرت مریم و نقاشی های به جا مانده از کاخ های صفوی، زیورآلات، منسوجات و البسه ارامنه، ظروف چینی و سفالی و ... وجود دارد. اما دیدنی‌ترین و بی نظیرترین اثر موزه را شاید بتوان آیه ای از انجیل دانست که بر روی تارمویی حکاکی شده و تنها با چشم مسلح قابل مشاهده است.

موزه هنرهای تزیینی ایران یا موزه رکیب خانه در شهر اصفهان در یکی از عمارت های تاریخی به نام رکیب خانه واقع شده است و مساحت آن برابر با 2600 متر مربع می باشد. در این موزه مجموعه ای از صنایع دستی، ترمه، ملیله دوزی، آثار خطی، آثار میرعماد و دختر وی و مجموعه ای از شیشه های قرن سوم، پنجم و هشتم در آن قرار دارد. کتابخانه ای در این موزه قرار دارد که دارای 1500 جلد کتاب در زمینه هنر می باشد که علاقمندان می توانند از آنها استفاده کنند.

 موزه هنرهای معاصر اصفهان در بنایی زیبا مربوط به دوره صفویه قرار دارد که در مرکز شهر و نزدیک به چهلستون واقع گردیده است. این ساختمان در زمان حکومت قاجار تجدید بنا گردیده و مسعود میرزا حاکم وقت اصفهان آنجا را محل سکونت خود قرار داد. این ساختمان در سال 1373 مورد مرمت قرار گرفت و به موزه هنرهای معاصر اختصاص یافت. این موزه دارای یک حیاط چشم نواز می باشد و ساختمان آن در شمال و غرب حیاط به حالت کرسی شکل قرار گرفته است. این موزه تحت نظارت شهرداری اصفهان در حال فعالیت است و آثاری از هنر معاصر را در خود جای داده است.

در این موزه‌ مجموعه‌ای از آثار هنری در زمینه‌های متفاوت نگهداری می‌شود و نمایشگاه‌های مختلفی نیز به مناسبت‌های گوناگون در آن بر پا می‌گردد که اکثر آنها در زمینه هنرهای اسلامی چون خوشنویسی و نقاشی قهوه‌خانه‌ای هستند.

بخش‌های مختلف این موزه شامل بخش خط و کتابت، آثار لاکی و روغنی، دستبافته و رودوزی‌های سنتی، نگارگری، آثار فلزی، آبگینه، سفال، چینی و آثار چوبی می باشد.

         موزه مردم شناسی اصفهان یکی دیگر از بناهای دوره صفویه که نشان دهنده معماری با شکوه آن دوره است حمام علیقلی خان می باشد که در حال حاضر با تغییر نام به موزه مردم شناسی تبدیل شده است. مساحت این حمام 1200 متر مربع می باشد و دارای دو قسمت حمام بزرگ و حمام کوچک است. هر یک از این دو حمام دارای دو بخش اصلی سربینه و گرم خانه می باشد، به طوری که در آن دوره، مردان و زنان به صورت جداگانه می توانستند از آن استفاده کنند. در سال 1383 این بنا بازسازی و مرمت شد و مورد بازدید عموم قرار گرفت.

خانه مشروطیت در گوشه ای از شهر اصفهان بنایی تاریخی مربوط به دوره ی قاجار وجود دارد و به دلیل آنکه به رهبر سیاسی اصفهان در عصر مشروطه یعنی حاج آقا نورالله نجفی اصفهانی تعلق دارد، با عنوان خانه مشروطه یا مشروطیت شناخته می شود. این خانه محل گردهمایی های علما، آزادی‌خواهان، رجال سیاسی ـ فرهنگی و مردم اصفهان در صدسال پیش بوده است و در کنار حفظ وقایع آن دوران در قلب خود، معماری چشم نوازی را هم به رخ رهگذران می کشد.

دو شاه ‌نشین در جبهه شمالی و جنوبی، دو حیاط اندرونی و بیرونی و دوازده اتاق بخش های مختلف خانه مشروطه را در بر می گیرند و شیشه کاری، ارسی های رنگین، گچبری و نقاشی تنها گوشه ای از تزیینات به کار رفته در این بنا می باشند. امروز این خانه به موزه ای برای به نمایش گذاشتن مجموعه ای گرانبها از تصاویر و اسناد تاریخی مشروطه شده و مجسمه هایی از رجال مهم آن دوران را نیز در خود جای داده است تا مبارزات تاریخی مردم را به تصویر بکشد.

          موزه موسیقی در یکی از زیباترین و سرسبزترین خیابان های شهر اصفهان یعنی خیابان جلفا موزه ی موسیقی وجود دارد. بیش از 300 نوع از آلات ادوات موسیقی در این موزه برای بازدید قرار داده شده است. این موزه در مدت زمان کمی که از بازگشایی آن گذشته است، موفق به کسب دو جایزه شده که آخرین آن از سوی شورای بین‌المللی موزه‌ها (ایکوم) به‌عنوان بهترین موزه خصوصی ایران شناخته شد. موزه موسیقی اصفهان در راهنمای گردشگری اصفهان، به عنوان یکی از جاذبه های گردشگری معرفی شده است.

          موزه علوم و فنون آموزش و پرورش گنجینه از وسایل و امکانات در زمینه های فیزیک، شیمی، زمین شناسی در شهر اصفهان وجود دارد که به نام موزه علوم و فنون آموزش و پرورش مشهور است.

موزه صدف اصفهان اولین موزه تخصصی صدفها وحلزون های دریائی در ایران می باشد که علاوه بر گونه های موجود از آب های خلیج فارس ، دریای عمان و بحر خزر دارای گونه های جذاب و دیدنی از دریاها و اقیانوس های مختلف دنیا می باشد.

این مجموعه یکی از نادرترین مجموعه ها در خاورمیانه بوده و دارای بیش از 2000 نمونه از 800 گونه مختلف نرمتنان (صدف های دریائی: شکم پایان- دو کفه ای ها و سرپایان)، خارپوستان ( ستاره های دریائی ، طوطیا های دریائی ،سکه های دریائی)، سخت پوستان (خرچنگ های دریائی) و....می باشد که از آب های سراسر دنیا  از تنگه برینگ روسیه تا آب های کرانه جنوب شرقی آرام نزدیک جنوبگان توسط کاپیتان دریانورد حسن خواجه طی بیش از 25 سال به صورت متمادی جمع آوری و گرد آوری شده است.

 موزه شهدا به مناسبت هفته دفاع مقدس در مهر ماه 1381 با هدف ترویج فرهنگ ایثار و شهادت و زنده نگهداشتن یاد و خاطره شهیدان انقلاب اسلامی و هشت سال دفاع مقدس و شناساندن و انتقال مفاهیم ارزشی شهید و شهادت به نسل جوان تاسیس شد.

جمع آوری آثار و اسناد شهدا و شناساندن سیره و روش شهدا از طریق آثار قابل نمایش و برپائی نمایشگاههای هنری به مناسبتهای مختلف و ایام الله در دستورکار این موزه قرار دارد.

موزه تاریخ طبیعی اصفهان در 15 اسفند 1367 در تالار تیموری ( یکی از بناهای باستانی عصر تیموریان ) که از طرف شهرداری اصفهان در اختیار قرار داده شده تاسیس و راه اندازی گردیده است.  تمامی آثار طبیعی و مجموعه های ارزنده این موزه در زمینه های علوم گیاهی ـ جانوری زمین شناسی و جغرافیایی به همت و سرمایه شخصی دکتر جعفریان استاد دانشگاه اصفهان در مدت 37 سال تلاش مستمر از نقاط مختلف ایران و خارج از کشور گردآوری، خریداری، مبادله یا تهیه گردیده و پس از تنظیم و رده بندی و بررسیهای علمی به وضع کنونی درآمده و در اختیار عموم قرار داده شده است. هدف اساسی از تاسیس موزه تاریخ طبیعی اصفهان، ضمن بالا بردن سطح دانش و اطلاعات عمومی جامعه درباره عالم حیات و عظمت جهان آفرینش و قدرتمندی خالق یکتا ، حفظ میراث ارزنده طبیعی کشور از غارت و تخریب، جبران کمبود وسایل کمک آموزشی، حفظ سلامت جامعه از طریق ایجاد محیطی سالم و تفریحی، فراهم آوردن زمینه های تحقیق در علوم طبیعی و کمک به افزایش جاذبه های توریستی کشور و شهر اصفهان می باشد .

این موزه از نظر جامعیت و تنوع نمونه ها در زمینه های علوم طبیعی، توجه خاص به جنبه های آموزشی و علمی آن در سطوح گوناگون آموزشی و دارا بودن مجموعه کم نظیر در پاره ای از بخشهای علوم زیستی بخصوص مجموعه اسفنجهای نواحی استرالیا، صدف های اقیانوس کبیر و اطلس و سنگواره های ادوار گذشته در ایران منحصر و ویژگی خاصی را  دارا می باشد.

موزه هلال احمر ساختمانی مربوط به زمان پهلوی است که از سال 1380 به نمایش اسناد، عکس ها و وسایل مربوط به جمعیت هلال احمر ایران از سال 1301 تا کنون اختصاص یافته است. نام این بنا در مرداد 1384 در فهرست آثار ملی ایران قرار گرفت.

موزه عصارخانه شاهی که همان کارخانه روغن کشی می باشد و به معنای محلی است که روغنگر از بذرهای مختلف همچون کرچک و کنجد روغن تهیه می کرده است. عصارخانه شاهی 380 متر مربع وسعت دارد و اطلاعاتی از تاریخ ساخت آن در دست نیست اما چون بخشی از بازار قیصریه اصفهان است؛ تاریخ احداث آن را به دوره ی شاه عباس صفوی نسبت می دهند. امروزه در این بنا هشت مجسمه قرار داده شده است تا فرآیند تهیه ی روغن در گذشته به علاقه مندان نشان داده شود.

موزه آموزش و پرورش در ساختمان منزل مسکونی شادروان عطاءالملک دهش از شخصیت های اجتماعی اواخر دوره قاجار واقع است و توسط اداره آموزش و پرورش اداره می شود. این ساختمان پس از پیروزی انقلاب اسلامی به عنوان مدرسه مورد استفاده قرار گرفت و پس از بازسازی در سال  1378 کاربری موزه پیدا کرد.

این موزه با هدف ایجاد زمینه های مناسب برای استفاده از تجارب گذشتگان، مقایسه وضعیت آموزشی گذشته و حال، تجلیل از پیشکسوتان و طلایه داران نظام تعلیم و تربیت و حفظ یاد و نام آنها تاسیس شد.

موزه آب اصفهان موزه ای بسیار شگفت انگیز و ارزشمند که در شهر اصفهان واقع شده است. طراحی موزه ی آب اصفهان در مقابل مجموعه ی فرشچیان به منظور تاکید بر اهمیت و جایگاه زاینده رود در برپایی و رونق شهر آغاز به کار شد. حقابه ها، دفترهای محاسبات میراب ها، وقف نامه ها، لوح محاسبه قنات، وسایل حفر قنات، چاه، گونیای چوبی، قرقره، کوزه سفالی و مشربه، وسایل اندازه گیری آب مثل چارچوب رقم، پیمانه های آبی، ساعت آبی و ابزار مهندسی آب از آثار به نمایش گذاشته شده در این موزه می باشد.