تاریخچه تشکیل انجمن‌های علمی در ایران با تشکیل ”جمعیت فیزیک و شیمی ایران“ در سال 1310 هجری شمسی با اجتماع تعدادی از فیزیکدانان کشور در آزمایشگاه فیزیک دانشکده علوم دانش‌سرای عالی آغاز شد. دیری نگذشت که به علت نبود ارتباطی منسجم و تعریف شده بین اعضا، فعالیت این انجمن متوقف شد.

در حدود سال 1320 ”کانون مهندسین ایران“، ”مجمع وکلای دادگستری“ و ”انجمن مامایی ایران“ نیز فعالیت خود را آغاز کردند. در دهه 1330، ”انجمن پزشکی“ فعالیت خود را شروع و در سال 1340 به انتشار نشریات مختلف گروههای پزشکی اقدام کرد. در این دوره که اولین فعالیت انجمن‌های علمی ایران است، گروههای کشاورزی، علوم پایه و علوم انسانی فعالیت چشمگیری نداشتند؛ هرچند محفل‌های خصوصی و غیررسمی از استادان و دانشوران نیز تشکیل شد.

دوره دوم فعالیت انجمن‌های علمی مربوط به سال‌های 1340 تا 1370 میگردد. در این دوره نقش علوم و آموزش عالی در تشکیل انجمن‌های علمی محسوس بود. در واقع بیشتر انجمن‌های علمی با کمک این وزارت‌خانه تشکیل شدند. این امر نتیجه آگاهی از نقش انجمن‌ها در پیشبرد علم بود. شکل‌گیری انجمن‌هایی مانند ”انجمن ریاضی“، ”انجمن مدیریت“، ”انجمن حسابداری“ و ”انجمن روانشناسی“ با کمک علوم و آموزش عالی در آن سال‌ها و تصویب طرح تشکیل انجمن‌های علمی از سوی شورای هماهنگی دانشگاه‌ها، جلوه‌های بارز آن رویکرد است. به این ترتیب تا سال 1357، تعداد 78 انجمن علمی در گروه‌های علوم پزشکی، علوم پایه، کشاورزی، فنی و مهندسی و علوم انسانی فعالیت خود را آغاز کردند.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی و در سال 1362 مسئولیت انجمن‌ها و مجامع علمی کشور به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری واگذار گردید و دفتر همکاریهای علمی و بین‌المللی، زیر نظر معاونت پژوهشی، اداره امور انجمن‌ها را برعهده گرفت. در سال 1366 نیز ”آیین‌نامه نحوه صدور مجوز تأسیس انجمن‌های علمی کشور“ تدوین شد. این آئین‌نامه به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اختیار داد مجوز تأسیس انجمن‌های علمی را صادر یا فعالیت‌های آنها را تأیید کند.

دوره سوم از سال 1370 آغاز شد در هفتم مهرماه آن سال شورای عالی انقلاب فرهنگی مصوبه شماره 262 خود را صادر کرد. بر اساس این مصوبه صدور مجوز تأسیس انجمن‌های علمی، تجدید پروانه و نظارت بر حسن انجام کار آنها، بسته به مورد، برعهده وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری، بهداشت و درمان و آموزش پزشکی و فرهنگ و ارشاد اسلامی نهاده شده‌ است.

بر اساس مصوبه 262، هم‌اکنون کمیسیون انجمن‌های علمی ایران در حوزه معاونت پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری صدور مجوز تأسیس انجمن‌های علمی غیر پزشکی را برعهده دارد.