بدأ قسم الإلهیات علمه ببرنامج البکالوریوس فی تخصص إعداد معلمی الإلهیات والمعارف الإسلامیة عام 1370هـ.ش/1991م. وتم توسیعه منذ تأسیسه فی التخصصات التالیة: الفلسفة والحکمة الإسلامیة, والفقه ومبادئ الحقوق الإسلامیة, وعلوم القرآن والحدیث, وتاریخ حضارة الشعوب الإسلامیة.
تم انحصار الفروع فی برنامج البکالوریوس فی فرع الفلسفة والکلام الإسلامی, وعلوم القرآن والحدیث بناء علی الاتجاه النوعی الذی خضع له القسم بعد قبول الدفعة الأولی من الطلاب وتخریجها, ومن هذا المنطلق رکز القسم علی توسیع برامج الدراسات العلیا فی الماجستیر والدکتوراه.
وکان الدکتور أصغر منتظر القائم, والدکتور مجید صادقی، والدکتور رضا شکرانی, والدکتور محسن صمدانیان من الأعضاء الأوائل لهذا القسم فی عام 1370هـ.ش/1991م.
تم تحویل قسم الإلهیات إلی قسمین مستقلین فی عام 1390هـ.ش/2011م؛ وهما الفلسفة والکلام الإسلامی, وقسم علوم القرآن والحدیث. یتیح قسم الفلسفة والکلام الإسلامی حالیا برنامج البکالوریوس فی فرع الفلسفة والکلام, وبرنامج الماجستیر تخصص الفلسفة الإسلامیة والکلام الإسلامی, وبرنامج الدکتوراه فی فرع الحکمة المتعالیة, کما یضم 9 أعضاء هیئة التدریس.