تم إنشاء قسم علوم القرآن والحدیث بتفریع إلهیات السابق ـ الذی یعود تاریخ تأسیسه إلی عام 1370هـ.ش/1991م ـ إلی قسم علوم القرآن والحدیث, وقسم الفلسفة والکلام الإسلامی فی عام 1390هـ.ش/2011م. یضم قسم علوم القرآن والحدیث حالیا ثمانیة أعضاء هیئة التدریس, ویتیح برامج البکالوریوس, والماجستیر, والدکتوراه فی علوم القرآن والحدیث, کما یمنح درجة الماجستیر فی علوم القراءات. ویضم القسم عدة تخصصات؛ وهی: علوم القرآن, وعلوم الحدیث, وعلوم القراءات, والتفسیر, ولغة القرآن, وعلم الأصوات, وعلم الدلالة, والدراسات المشترکة بین العلوم القرآنیة والعلوم العصریة.