دانشگاه اصفهان که به لحاظ قدمت و رشته‌های تحصیلی بزرگ‌ترین دانشگاه در منطقه‌ مرکز کشور می‌باشد، دانشگاهی دولتی وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است که پایه‌های نخستین آن از ۳۰ آذر سال ۱۳۲۵ شمسی با ایجاد آموزشگاه‌ عالی بهداری اصفهان گذاشته شد. این آموزشگاه با تعدادی دانشیار در یک کلاس از دبیرستان سعدی که در آن زمان دارای آزمایشگاه نسبتاً مجهزی بود آغاز شد و آزمایشگاه آن و سالنی برای تشریح در اختیار آموزشگاه قرار گرفت و در ۱۶ بهمن همان سال دکتر حکمی به عنوان اولین رئیس آموزشگاه انتخاب شد.

چهار سال پس از آن یعنی در سال ۱۳۲۹ شمسی دانشکده پزشکی اصفهان در جوار آموزشگاه عالی بهداری کار خود را شروع کرد و با داشتن دوره شش ساله تحصیلی و اجازه صدور دیپلم دکتری در پزشکی به دانشجویان پس از نوشتن پایان‌نامه‌ به فعالیت‌های آموزشی ادامه داد و بدین ترتیب آموزشگاه عالی بهداری به تدریج تعطیل شد و دانشیاران آن به دانشکده پزشکی منتقل شدند.

در سال تحصیلی ۱۳۳۵ دانشکده داروسازی تشکیل شد و به دانشکده پزشکی ملحق گشت و کلاس‌ها و آزمایشگاه‌های آن دانشکده که ساختمان‌های مربوط به آن بطور پراکنده در شهر اجاره شده بود، مورد استفاده قرار گرفت و در سال ۱۳۳۷ به­صورت واحدی مستقل درآمد.

اوج پرواز دانشگاه اصفهان سال ۱۳۳۷ بود. در مهر این سال با افتتاح دانشکده ادبیات در اصفهان موافقت شد. این دانشکده از تاریخ ۱۸ آذرماه ۱۳۳۷ فعالیت‌های آموزشی خود را با دو رشته زبان و ادبیات فارسی و زبان و ادبیات انگلیسی آغاز کرد. با افزوده شدن دانشکده ادبیات به دانشکده‌های پزشکی و داروسازی موجودیت دانشگاه اصفهان تحقق یافت و در ۲۵ آذرماه همان سال با صدور حکمی دکتر فاروقی به ریاست دانشکده منصوب گردید.

برای شروع کار، خانه‌ای در خیابان فتحیه سابق (محلی که اکنون جزو پارک شهید رجایی شده است) اجاره شد و  یک سال بعد به کمک اداره اوقاف در کوی شاهزاده ابراهیم (خیابان ابوذر فعلی) ساختمان آبرومندی برای دانشکده ادبیات با اجاره‌ای نازل مهیا شد و با معلمین فرهیخته‌ای که در اصفهان بودند دکتر فاروقی امکان این را یافت که به سرعت دانشکده را با افزودن گروه‌های دیگر توسعه دهد. گروه زبان و ادبیات فرانسه در سال ۱۳۳۸، گروه زبان و ادبیات ارمنی ۱۳۳۹، گروه زبان و ادبیات عرب ۱۳۴۱، گروه جغرافی و تاریخ ۱۳۴۵ و گروه علوم اجتماعی ۱۳۴۸ به دانشکده افزوده گشت.

در سال تحصیلی ۴۲-۱۳۴۱ دبیرخانه دانشگاه اصفهان منحل گردید و دانشکده‌های ادبیات و پزشکی هر یک به­ صورت واحدی مستقل زیر نظر اداره کل تعلیمات عالیه وزارت فرهنگ وقت درآمد و دانشکده داروسازی مجددا به دانشکده پزشکی ملحق گردید و از پذیرفتن دانشجو برای آن دانشکده خودداری به ­عمل آمد و مانده دانشجویان آن نیز به دانشکده داروسازی تهران منتقل شدند. اما حرکت کند دانشگاه اصفهان ادامه داشت و در مرداد­ ۱۳۴۳ دانشکده علوم در جوار دانشکده ادبیات تأسیس و فعالیت‌‌های آموزشی خود را شروع کرد. در مهر­ماه ۱۳۴۴ دانشسرای عالی اصفهان، هم­زمان با دانشسراهای عالی اهواز و تبریز و مشهد، در جوار دانشکده‌­های ادبیات و علوم تأسیس گردید.

سال ۱۳۴۶ سالی است که احیاء مجدد و رونق دانشگاه آغاز شد و در ۱۶ شهریور با تعیین دکتر معتمدی به عنوان رئیس جدید دانشگاه اصفهان این دانشگاه موجودیت دانشگاهی خود را آغاز کرد و نخستین هیأت امنای دانشگاه تشکیل شد. شاید به همین خاطر در سال بعد دانشگاه اصفهان شاهد جهش عظیمی بود به این ترتیب که در حدود ۴ ماه سه بنای عمده ساختمان ادبیات، علوم و سلف سرویس دانشجویان ساخته شد و در ابتدای سال تحصیلی ۴۸-۴۷ دانشکده‌های ادبیات و علوم از کوی شاهزاده ابراهیم به محل هزار جریب منتقل گردید.

هزار جریب یکی از مرغوب‌ترین مکان‌های شهر که در زمان خویش به دلیل فقدان آب، بیابانی بیش نبود، اما تیزبینی و آینده نگری دکتر مرتضی حکمی در سال ۱۳۲۸ آن سرمایه را برای دانشگاه اصفهان مهیا کرد.

 به گفته دکتر حکمی، موقعی که اراضی هزارجریب را برای تأسیس آموزشگاه عالی بهداری و دانشکده پزشکی اصفهان، که هسته‌های اولیه دانشگاه بودند، تهیه نمودم، با عده زیادی از اهل بصیرت، مشورت و با نظر این کارشناسان مطلع و بی‌نظر بودکه اراضی هزارجریب را برای دانشگاه آینده اصفهان انتخاب نمودم. و به طور قطع در تمام حوزه شهر اصفهان محل دیگری که دارای تمام امتیازات هزارجریب باشد، برای تأسیس دانشگاه وجود ندارد. قسمتی از زمین­ها با بودجه دولت از آقای حسن سلطانی و محمد هراتی با قیمت بسیار نازل (متری سه الی پنج ریال ) خریداری شد و قسمتی هم توسط ورثه مرحوم حاج محمد حسین کازرونی و آقای حبیب اشراقی به طور رایگان در اختیار دانشگاه قرار گرفت و بقیه هم (۲۰۰ هکتار از دانشکده پزشکی تا کوه صفه) که مربوط به اداره خالصه بود، به موجب تصویب نامه هیأت دولت به دانشکده پزشکی واگذار گردید.

وجود این قطعه زمین وسیع و بلند در جنوب شهر موجب گردید مدیران دانشگاه مشکل تهیه زمین برای توسعه دانشگاه را تا دهه‌های بعد نداشته باشند و این امکانات وسیع، منشأ این تصمیم مدیریتی بود که باید هر چه سریع‌تر کلیه دانشکده‌ها و مؤسسات دانشگاه در هزارجریب متمرکز گردیده و از پراکندگی در شهر خلاصی یابند. امری که در زمان ریاست دکتر قاسم معتمدی محقق شد.

در سال تحصیلی ۴۸-۱۳۴۷ دوره شبانه در دانشگاه اصفهان دائر گردید. هم­چنین در این سال دانشسرای عالی اصفهان با تشکیلات وسیع‌تر و برنامه‌ای کامل‌تر گسترش یافت و با پیوستن به گروه­های آموزشی روانشناسی و فلسفه با نام دانشکده علوم تربیتی در دانشگاه اصفهان فعالیت‌های خود را شروع کرد و دوره تحصیلی آن نیز از دو به چهار سال افزایش یافت.

در سال ۱۳۵۲ دانشکده دندانپزشکی و انستیتو باغبانی تأسیس گردید. این انسیتو در سال ۱۳۵۶ به دانشگاه صنعتی اصفهان منتقل گردید و اکنون به نام دانشکده کشاورزی در آن دانشگاه به فعالیت خود ادامه می‌دهد. در سال ۱۳۵۴ مدرسه عالی کورش سابق به دانشگاه اصفهان واگذار شد و از آن سال با نام دانشکده علوم اداری و اقتصاد فعالیت‌های آموزشی خود را آغاز کرد.

در سال ۱۳۵۵ دانشکده زبان‌های خارجی که تا قبل از این تاریخ گروه‌های آن در دانشکده ادبیات فعالیت داشتند، از آن منفک و آغاز به­ کار کرد.

در سال ۱۳۶۵ دانشکده‌های علوم پزشکی (بهداشت، پرستاری، پزشکی، داروسازی و دندانپزشکی) به دانشگاه علوم پزشکی اصفهان منتقل شدند و بعد از سه دهه زندگی مشترک، از دانشگاه اصفهان جدا شدند و راهی جداگانه برگزیدند و به دامان وزارتخانه جدیدی به نام «وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی» ‌رفتند. فضاها و بناها نیز بواسطه­ ی این تصمیم جدا شدند.

دانشگاه اصفهان بعد از جدایی از دانشگاه علوم پزشکی به سرعت راه ترقی را گشود. ده­ها طرح عمرانی در فضای بین ساختمان­های قدیم و خوابگاه‌ها کلنگ زده شدند:

از سال ۱۳۶۵ تاکنون دانشکده­ های مختلف در زمینه­ های علوم انسانی، فنی و مهندسی و علوم پایه به دانشکده­ های دانشگاه اصفهان اضافه شدند. دانشکده علوم اداری و اقتصاد در سال ۱۳۵۶، دانشکده تربیت بدنی و علوم ورزشی ۱۳۷۱ (شروع فعالیت با گروه تربیت بدنی در سال ۱۳۶۲ در دانشکده علوم تربیتی)، دانشکده فنی و مهندسی ۱۳۶۷، دانشکده علوم و فناوری­ های نوین ۱۳۸۷(در سال ۱۳۹۸ تمامی گروه های آن به دانشکده های فیریک، شیمی و علوم و فناوریهای زیستی منتقل شد)، دانشکده الهیات و معارف اهل البیت^{(علیهم السلام)} ۱۳۸۹، دانشکده مهندسی عمران و حمل و نقل در سال ۱۳۹۵ (شروع فعالیت با گروه نقشه­ برداری در سال ۱۳۶۷ و گروه عمران در سال ۱۳۸۳در دانشکده فنی و مهندسی) با تجمیع گروه ­های عمران و نقشه برداری در دانشکده حمل و نقل (تأسیس ۱۳۸۷)، دانشکده علوم جغرافیایی و برنامه­ ریزی سال ۱۳۸۹(شروع فعالیت از سال ۱۳۴۵ با گروه جغرافی در دانشکده ادبیات)، دانشکده شیمی ۱۳۹۱ (شروع فعالیت ۱۳۴۳ با گروه شیمی در دانشکده علوم)، دانشکده مهندسی کامپیوتر ۱۳۹۱ (شروع فعالیت ۱۳۶۷ با گروه مهندسی کامپیوتر در دو رشته سخت­ افزار و نرم افزار در دانشکده فنی و مهندسی)، دانشکده ریاضی و آمار ۱۳۹۸(شروع فعالیت از سال ۱۳۴۳ در دانشکده علوم)، دانشکده علوم و فناوری­ های زیستی سال  ۱۳۹۸ و دانشکده فیزیک در سال ۱۳۹۸ (شروع فعالیت از سال ۱۳۴۳ در دانشکده علوم) تأسیس گردیدند.

همچنین در سال ۱۳۸۱ برای نخستین بار در کشور دانشگاه مجازی بوسیله دانشگاه اصفهان آغاز بکار کرد و در سال ۱۳۹۲ دوره پردیس نیز راه ­ اندازی شد.

 دانشگاه اصفهان هم اکنون به عنوان یکی از مهمترین و قدیمی‌ترین مراکز علمی و فرهنگی کشور، یکی از دانشگاه‌های مادر و در زمره دانشگاه های سطح یک کشور به فعالیت علمی خویش در زمینه‌های مختلف آموزشی و پژوهشی ادامه می‌دهد.

از بدو تأسیس این دانشگاه تاکنون بالغ بر ۱۲۰۰۰۰ دانش آموخته در رشته‌ها و مقاطع مختلف تحصیلی از این دانشگاه فارغ‌التحصیل گردیده‌اند و  در حال حاضر دانشگاه اصفهان با استفاده از توان علمی بیش از ۶۸۰ عضو هیأت علمی با ۵۶ % مرتبه استاد تمام و دانشیاری و تعلیم و تربیت بیش از ۱۸۰۰۰دانشجو با ۴۰% دانشجوی تحصیلات تکمیلی در ۵۴ رشته تحصیلی در مقطع کارشناسی، ۲۲۶ رشته تحصیلی در مقطع کارشناسی ارشد و ۱۲۰ رشته در مقطع دکتری در قالب ۱۴ دانشکده و دو پردیس دانشکده ریاضی و کامپیوتر خوانسار و مرکز آموزش عالی شهرضا با ۵۵ گروه آموزشی در زمینه فنی و مهندسی، علوم انسانی، علوم پایه و زبان­ های خارجی فعالیت می­ کند.

در حال حاضر در دانشگاه اصفهان ۵۴ انجمن علمی،  ۶ قطب علمی، ۱۰ پژوهشکده و مرکز پژوهشی و ۳۵ گروه پژوهشی فعال، آزمایشگاه مرکزی و حدود ۲۰۰ آزمایشگاه آموزشی و پژوهشی گروه های علمی، ۴۳ واحد فناور و شرکت دانش بنیان، کتابخانه مرکزی و ۵ کتابخانه دانشکده­ ها و ۴ سالن مطالعه برای بهره ­مندی بهتر و بیشتر دانشجویان فراهم شده است.

در دانشگاه اصفهان ۱۲ واحد خوابگاهی جهت اسکان دانشجویان (دختر و پسر) با ظرفیت ۴۵۰۰ نفر موجود بوده و کلیه دانشجویان این دانشگاه می‌توانند از امکانات سلف سرویس و رستوران­ های آزاد دانشجویی با قیمت یارانه‌ای استفاده نمایند. دانشجویان این دانشگاه در ۵۳ انجمن علمی، ۵ تشکل دانشجویی و ۴۰ کانون فرهنگی دانشجویی فعال بوده و ۴۰ نشریه دانشجویی را به چاپ می‌رسانند.

دانشگاه اصفهان با انتشار ۳ عنوان نشریه در نمایه های استنادی بین المللی و ۳۴ نشریه علمی و پژوهشی به زبان های فارسی، انگلیسی، عربی و فرانسه و چاپ بیش از ۸۰۰ عنوان کتاب علمی رتبه نخست استان و سوم کشور را به خود اختصاص داده است. دانشگاه اصفهان با انتشار بیش از ۱۱۳۰۰ مقاله در بزرگ ترین و معتبرترین پایگاه استنادی علمی جامع (وب آف ساینس) و با بیش از ۱۴۱۰۰۰ استناد و با کسب اچ ایندکس ۱۰۵ همواره به عنوان یکی از دانشگاه های معتبر در سطح ملی و بین المللی مطرح بوده است.

دانشگاه اصفهان یکی از ۵ دانشگاه فعال کشور در امور بین‌الملل می‌باشد و عقد حدود ۲۰۰ تفاهم‌نامه با ۴۷ کشور جهان و بیش از ۵۰ تفاهم‌نامه عملیاتی شده از سال ۱۳۷۶ تاکنون و با سایر دانشگاه‌های معتبر دنیا نیز ارتباط مستمر علمی دارد.

دانشگاه اصفهان مفتخر است که همه ساله حداقل یکی از استادان این دانشگاه از سال ۱۳۷۰ تاکنون(از سال ۱۳۷۰ از طرف وزارت علوم استاد نمونه کشوری انتخاب و مورد تقدیر قرار می­ گیرند) به عنوان استاد نمونه کشوری و ۳ نفر از دانشجویان آن به عنوان دانشجوی نمونه کشوری انتخاب گردیده‌اند.

از آنجا که شهر اصفهان در مرکز کشور قرار گرفته و موقعیت جغرافیایی دانشگاه در بهترین نقطه آب و هوایی شهر اصفهان می‌باشد، بنابراین دسترسی این دانشگاه به نقاط مختلف کشور به سهولت امکان‌پذیر بوده و از طرق مختلف هوایی، زمینی و راه‌آهن از شهر اصفهان به شهرهای مختلف کشور امکان حمل و نقل وجود دارد همچنین دسترسی دانشجویان به نقاط مختلف شهر از طریق ایستگاه ­های مترو، اتوبوس BRT و.. به سهولت امکانپذیر است.

در راستای افق آینده، دانشگاه اصفهان، مسیری روشن و هموار و برنامه­های مهمی در این خصوص در نظر گرفته است:

 - سوق بخشیدن به توسعه مرزهای دانش، تبدیل آن به فناوری و تولید ثروت

 - پاسخگویی به نیازهای علمی جامعه در جهت توسعه پایدار

 - تداوم حضور موثر در عرصه ملی و بین المللی

- پرورش دانش آموختگان توانمند، ماهر، خلاق با هویت ایرانی – اسلامی

- انجام پژوهش ­های بنیادین درجهت گسترش مرزهای دانش

- ارائه راه ­حل­های علمی برای مسائل و مشکلات جامعه

- پشتیبانی از اقتصاد دانش بنیان و کسب درآمد پایدار

- ارتقا سرمایه ­های انسانی، فرهنگی، اجتماعی و نمادین

- کسب مرجعیت علمی و فرهنگی در جهان اسلام

- ارتقاء فرهنگ و کیفیت زندگی با تأکید بر سبک زندگی ایرانی – اسلامی

- ایجاد فضای آزاداندیشی و فراهم نمودن محیطی پرنشاط

  از مهم­ترین رسالت­ های مصوب برنامه راهبردی و اهداف کلان این دانشگاه است.